Tuy cho đến nay, việc điều trị bằng cách chọc dẫn lưu qua da hoặc phẫu thuật vẫn còn là phổ biến để điều trị áp-xe ổ bụng, kể cả áp-xe gan, nhưng việc điều trị nội khoa cho áp-xe gan mủ cũng đã được quan tâm thỏa đáng.
Với việc sử dụng các thuốc kháng sinh phổ rộng để điều trị áp-xe gan giống như các thuốc dùng trong nhiễm khuẩn máu do nhiễm khuẩn ổ bụng.
Thông thường người ta hay phối hợp việc chọc hút ổ áp-xe trước khi điều trị nội khoa. Nhờ kết quả nuôi cấy bệnh phẩm, nên việc dùng thuốc theo kháng sinh đồ có kết quả tốt giúp bệnh nhân mau khỏi và tiết kiệm kinh phí chữa bệnh. Ngược lại các trường hợp điều trị mà không có chọc dẫn lưu qua da thường phải dùng kháng sinh kéo dài hơn.
Tỷ lệ tử vong do áp-xe gan hiện nay vẫn còn khá cao, khoảng 15% các trường hợp mắc bệnh. Do phương pháp dẫn lưu qua da có những hạn chế như khó áp dụng trong các ca có ổ áp-xe lớn, có nhiều ổ; áp-xe chứa chất nhầy, nhớt dễ làm tắc ống dẫn lưu; các bệnh kết hợp, chẳng hạn bệnh đường mật cần phẫu thuật... nên người ta có xu hướng sử dụng phẫu thuật hơn.
Trường hợp điều trị áp-xe gan do nấm Candida thường phải sử dụng amphotericin B dài ngày.
Theo một nghiên cứu đã khảo sát 540 trường hợp áp-xe ổ bụng, trong đó có 26% là áp-xe tạng; áp-xe gan chiếm tới 13% trong tổng số áp-xe và 48% trong số áp-xe tạng.