Toàn bộ đường tiêu hóa, bao gồm cả ruột non đều chứa vi khuẩn. Trong đó, ruột già chứa nhiều vi khuẩn nhất và ruột non chứa ít vi khuẩn hơn ruột già nhiều. Chủng loại vi khuẩn có ở ruột non cũng khác với ruột già.
Hội chứng loạn khuẩn ở ruột non là tình trạng có một lượng lớn bất thường vi khuẩn trong ruột non và chủng loại của những vi khuẩn này thường xuất hiện ở ruột già chứ không xuất hiện ở ruột non.
Trung tiện nhiều, đầy hơi và trướng bụng, tiêu chảy, đau bụng, kém hấp thu các chất dinh dưỡng.
Hỏi bệnh sử và khám thực thể.
Xét nghiệm đặc biệt có thể được thực hiện trên các mẫu phân để giúp xác định chẩn đoán.
Điều trị bao gồm thuốc kháng sinh (Levofloxacin, Ciprofloxacin, Metronidazole, Rifaximin) và Probiotics.